El Colegio San Juan de Dios cuenta con el siguiente equipamiento e infraestructura para todos los alumnos:
2 amplias salas de clases para Párvulo, con instalaciones de equipamiento multimedia.
Patio de uso exclusivo para Párvulo.
Juegos infantiles.
25 salas de clases para Educación Básica y Media, con instalaciones de equipamiento multimedia.
Biblioteca, con espacios para lectura informal, mesas para trabajos individuales y grupales, y computadores de consulta.
Sala de computación (Enlaces).
Laboratorios de ciencias, habilitados para la enseñanza de Física, Química y Biología.
Gimnasio.
Camarines.
Comedor para alumnos y docentes.
Áreas administrativas, Dirección, UTP, Subdirección, Orientación, Convivencia Escolar, Psicologa y Trabajador Social.
Sala de profesores.
Cruz Roja.
Sala COVID.
Estacionamiento para docentes, dentro del establecimiento.